Visi yang ingin dicapai melalui inisiatif Heart of Borneo adalah terwujudnya pengelolaan dan konservasi yang efektif di kawasan hutan hujan ekuator Heart of Borneo  yang meliputi 23 juta hektar melalui jejaring kawasan lindung, hutan produksi dan penggunaan lahan yang berkelanjutan, yang memberi manfaat bagi masyarakat dan alam, melalui kerjasama internasional yang dipimpin oleh masing-masing pemerintah negara di Borneo, yang didukung oleh industri dan upaya global yang berkelanjutan.


Misi pengelolaan kawasan Heart of Borneo adalah sebagai berikut:
1.  Pada tahun 2020, 23 juta hektar jejaring kawasan lindung, cadangan lintas batas, dan koridor dikelola secara berkelanjutan dan zona penyangga berfungsi untuk menjamin masa depan semua spesies prioritas dan kawasan HoB endemik didirikan.
2. Pada tahun 2020, tidak ada konversi hutan yang bernilai konservasi tinggi untuk penggunaan lahan lain di kawasan HoB.
3.  Pada tahun 2020, mekanisme pembiayaan jangka panjang  memberikan manfaat diversifikasi dan adil bagi masyarakat lokal dan pemerintah, dan meningkatkan barang dan jasa ekosistem.